Los inicios de la fundación se remontan a la llegada de Sánchez Aguilera a Ecuador en 1997, cuando comenzó a trabajar en el barrio de la Mariscal, en Quito. Allí, se dio cuenta de la necesidad de ayuda y atención a las personas más necesitadas, especialmente a los niños y jóvenes en situación de calle.
La Fundación Mensajeros de la Paz en Ecuador fue fundada en el año 2000 por el sacerdote español José Luis Sánchez Aguilera con el objetivo de promover y defender los derechos humanos de las personas más vulnerables de la sociedad, especialmente de los niños, jóvenes y ancianos.
Sánchez Aguilera dejó un gran legado en Ecuador a través de la Fundación Mensajeros de la Paz, y su trabajo ha mejorado la vida de muchas personas en situación de vulnerabilidad en el país.